《我的天才女友》第三季故事延续前作,埃莱娜和莉拉这对挚友在不同人生轨迹上继续前行。埃莱娜出版了自己的第一本书,事业初露曙光,但在感情上却陷入迷茫,她与彼得罗的婚姻出现裂痕。莉拉虽未接受高等教育,却凭借聪明才智在那不勒斯的生意场上崭露头角,她和恩佐一起开办了计算机公司。然而,外界的偏见与内部的矛盾不断冲击着他们的事业。在这个过程中,埃莱娜和莉拉之间的友谊也面临着新的考验,她们相互嫉妒又彼此欣赏。同时,那不勒斯的社会环境也在发生着巨大变化,阶级矛盾、性别歧视等问题愈发凸显,两人在时代的浪潮中努力寻找着自我与生活的意义。